تزريق سم بوتولينيم در بسياري از بيماريهاي مغز واعصاب كاربرد داردكه مهمترين آنها عبارتنداز :

1-بلفارواسپاسم وهمي فاسيال اسپاسم:در اين بيماري فرد دچار اسپاسم مكرر وناراحت كننده عضلات پلك وصورت ميشود.درمان دارويي در آن كم اثر ميباشد و بهترين درمان تزريق بوتاكس ميباشد كه براي 4تا 6 ماه موثر است و پس از آن هم بيماري اگر عود كند شدت كمتري خواهد داشت و به درمان دارويي بيشتر پاسخ ميدهد.گاه نياز به تكرار تزريق داريم

2-اسپاسم و گرفتگي عضلات اندامها وعضلات اطراف ستون مهره به دنبال اسيب ستون مهره به خصوص در ناحيه گردن و پشت ويا سكته هاي مغزي:
جهت تزريق با سوزن مخصوص و به كمك الكتروميوگرافي(نوار عضله) عضله دچار اسپاسم مشخص و سپس تزريق انجام ميشود كه نتايج بسيار خوبي در كاهش اسپاسم و درد بيماران دارد

3-در برخي انواع سردرد به ويژه ميگرن مقاوم به درمان تزريق در عضلات زير پوست سر موثر است