سیدمحمد خاتمی سه فرزند دارد، دو دختر و یک پسر.
دختر بزرگش (لیلا، متولد 1354) همراه با همسرش در ایتالیا مشغول به تحصیل هستند، دختر دومش (نرگس، متولد 1360) دانشگاه را به تازگی تمام کرده و پسرش (عماد، متولد 1367) هم پیش دانشگاهی می‏رود.