شيخ بهايي يكي از دانشمندان مشهور دوره صفويه است. او در سال 935 ه.ق در بعلبك لبنان به دنيا آمد و از سن 6 سالگي نزد پدرش حسين بن عبدالصمد كه از فقها و علماي شيعه و از مريدان شيخ زين الدين (شهيد ثاني) بود، خواندن و نوشتن آموخت. به علت فشارهاي سياسي دولت عثماني پدرش به ايران آمد و بهاء الدين به ايين اير اني پرورش يافت و زبان فارسي آموخت. بهاء الدين در محضر پدر و علماي ديگر به كسب علوم و معارف پرداخت. شيخ بهايي مسافرت هاي زيادي كرد و از جمله به همراه شاه عباس صفوي به مشهد آمد. شيخ مدتي را در مشهد گذراند. شاگردش سيد حسين عاملي نيز در اين سفر با وي بوده است.
از شيخ بهايي مجموعه اي از قطعات نثر،مثنويات ،رباعيات و غزليات به جاي مانده است. از كتاب هاي او مشرق الشمس در زمينه الهيات ، اكسير السعادتين در فقه و حديث، زبده در اصول فقه، جامعه عباسي شامل فتواهايش در احكام فقه شيعه ،فوايدالبيان در نحو و خلاصه الحساب (به عربي) در حساب و هندسه و جبر و مقابله مي توان نام برد. شيخ بهايي اقداماتي نظير تقسيم آب رودخانه زاينده رود بين محلات اصفهان و قراي مجاور رودخانه، طرح ريزي كاريز نجف آباد (به قنات زرين كمر معروف است)، تعيين سمت قبله مسجد شاه اصفهان، ساختن گلخن گرمابه اي مرموز در اصفهان، انجام داده است. در مشهد نيز دستوري در باب ساختن ديوار صحن قديم حضرت رضا (ع) داده به اين نحو كه در هر فصلي موقع ظهر، آفتاب به بن ديوار مي رسيده است. حجره هاي مدرسه مجاور صحن با نظر شيخ چنان بنا شده بود كه هر حجره محاذي ستاره اي واقع مي شد. تمام زندگي اين دانشمند عصر صفويه در تاليف ، تدريس، سياست، قضاوت و سير و سياحت گذشت. در سفر سال 1008 ه.ق به مشهد كه با شاه عباس همراه بود در جوار صحن خانه اي خريد و پس از مرگ كه در سال 1030 ه. ق در اصفهان روي داد، بر طبق وصيت وي به مشهد آورده شد و در همان خانه دفن گرديد. ملاصدرا از شاگردان وي مي باشد.