مقايسه كارايي آپاچي و IIS همواره از مشكل‌ترين بحث‌هاي تكنيكي دنياي وب سرورها بوده است؛ چرا كه اين نوع مقايسه مستلزم به‌وجود آوردن شرايط يكسان آزمايش به صورت منصفانه‌ براي دو طرف رقابت است كه دست يافتن به اين شرايط، كاري آسان و صددرصد قابل انجام نمي‌باشد. شايد به تصور خيلي‌ها مي‌توان زمان دريافت، پردازش و پاسخ هر دو وب سرور به يك صفحه CGI يا JSP (كه مورد پشتيباني هر است) را برروي يك سرور با مشخصات سخت‌افزاري يكسان به معرض آزمون گذاشت، اما اين هم به نمي‌تواند تنهايي پاسخگوي معماي كارايي باشد. چرا كه اولاً شايد هر دو وب سرور ادعاي بهترين كارايي خود در تكنولوژي مشتركي مثل JSP را نداشته باشند. مثلاً شايد مايكروسافت ASP.NET را كه فعلا در آپاچي پشتيباني نمي‌شود، بهترين عرصه براي نمودار‌شدن كارايي IIS بداند. ثانياًٌ نبايد فراموش كرد كه آپاچي، يك وب سرور چند سكويي مي‌باشد و اين باعث مي‌شود تا صورت مسئله كمي پيچيده‌تر شود و كساني كه مي‌خواهند به داوري مسابقه كارايي اين دو وب سرور بنشينند را با سؤالي جديدتر روبرو كند و آن هم اين است كه IIS ويندوز را با آپاچي كدام سيستم‌عامل مقايسه كنيم ؟ آيا اصولاً آپاچي ادعايي بر ارايه بهترين كيفيت و كارايي خود برروي سيستم‌عامل مشترك ويندوز را دارد يا اين‌كه كماكان به سرعت خود برروي سيستم‌عامل‌هاي يونيكس و لينوكس مي‌بالد؟

نمودار ميزان رشد كاربرد
وب سرورهاي مختلف در ده سال اخير

در IIS 6 وجود مدل‌هاي متعدد پردازشي كه ويژه كار در محيط‌هاي چند پردازنده‌اي در نظر گرفته شده‌اند، سرعت اجراي برنامه‌هاي ASP و يا ISAPI را تا حد بسيار مطلوبي بالا برده‌اند. همچنين درايور HTTP.sys در اين نسخه قادر است به صورت مستقيم به اطلاعات موجود در cache (چه هاردديسك و چه حافظه اصلي) دسترسي پيدا كند بدون آن‌كه نيازمند وجود واسطه‌اي مثل پروسه‌هاي كاري براي انجام اين كار باشد. IIS همچنين قادر است صفحاتي را كه توسط عناصر ديناميك وب به صورت RunTime ساخته مي‌شوند را در cache ذخيره كند تا در صورتي كه كلاينت‌ بعدي هم بخواهد همين صفحه را توليد كند، به جاي ساختن دوباره آن، از محل cache اطلاعات را بدون پردازش خاصي به سمت كلاينت مذكور بفرستد.
در آپاچي نيز اوضاع به همين گونه است. ماژول‌هاي modperl وmodphp با استفاده از همان مكانيسم cache سرعت توليد صفحات ديناميك را همانند صفحات استاتيك به حداكثر خود مي‌رسانند. همچنين دقيقاً مشابه فيلترهاي ASP و ISAPI در IIS، در اين جا هم ماژول‌هاي Perl و PHP مستقيماً درخواست‌هاي كلاينت‌ها را مورد بررسي قرار داده و پاسخ لازم را ارسال مي‌كنند و بدين وسيله از ارجاع درخواست‌ها به محيط خارج آپاچي و كند شدن روند پاسخ جلوگيري مي‌كنن