در مورد مديريت وب سرور، اختلافاتي بين دو وب سرور مذكور وجود دارد. آپاچي در نسخه‌هاي اوليه خود، وب سروري كاملا TextBased به نظر مي‌‌رسيد كه صرفاً با دستكاري مستقيم در فايل‌هاي پيكربندي، تنظيم وب سرور و يا با استفاده از دستورات خط فرمان مديريت آن امكان‌پذير بود. اما اكنون بسياري از واسط كاربرهاي گرافيكي مثل Comanche قادرند يك محيط گرافيكي كاربرپسند و در واقع يك لايه بيروني براي كار با آپاچي فراهم كنند. در اين زمينه ليستي از واسط كاربرهاي گرافيكي تهيه شده در سايت آپاچي به نشاني http://gui.apache.org موجود و قابل داونلود است. البته بسياري از كاربران وجود مديريت و تنظيمات Text Based را براي آپاچي يك مزيت عنوان مي‌كنند. به عقيده اين افراد، با اين نوع پيكربندي آپاچي مي‌توان به سادگي و صرفاً با كپي كردن چند فايل از كامپيوتري به كامپيوتر ديگر همه تنظيمات يك سرور آپاچي را به سرور ديگر منتقل و از صرف وقت براي تنظيم دستي آن خلا‌ص شد. اين مسئله براي وب سروري مثل IIS كه تنظيمات خود را در قالب فايل‌هاي باينري نگهداري مي‌كند، قابل انجام نيست. البته در IIS 6 تنظيمات وب سرور در قالب فايل‌هاي XML قابل دسترسي است. و بدين‌وسيله و با روش Import و Export مي‌توان تنظيمات يك وب‌‌سرور را به ديگري منتقل كرد. همچنين اينكه علاوه بر اين كار، IIS 6 امكان مديريت راه‌دور را از طريق دستورات خط فرمان و اجراي آن با پروتكل Telnet را مشابه آپاچي به كاربران خود داده است. در ضمن هر دو وب سرور، امكان مديريت از طريق وب را به كاربران داده‌اند. IIS از طريق Web Based Administration و آپاچي با استفاده از ابزاري به نام Webmin اين تسهيلات را مهيا كرده‌ان