در زمان سلطان سنجر يکي از سرداران که قطب الدين محمد نام داشت به حکومت خوارزم گماشته شد و از آن پس لقب "خوارزمشاه" يافت.قطب الدين محمد که مردي لايق بود و اهل دانش را دوست مي داشت تا سال 521 درآن سرزمين فرمانروايي کرد و چون درگذشت پسرش اتسز به جاي او نشست.اتسز پس از چندي خود را مستقل خواند و سلطان سنجر ناچار به خوارزم لشکر کشيد. اتسز از پيش سپاهيان سلطان سلجوقي گريخت و پسرش گرفتار و کشته شد. اما همين که سنجر بازگشت اتسز بار ديگر به خوارزم آمد و درآنجا فرمانروا شد و سرانجام در سال 551 درگذشت.

ايل ارسلان
پس از او پسرش ايل ارسلان به سلطنت رسيد و هفده سال پادشاهي کرد. هنگامي که ترکان فراختايي به خوارزم روي آورده بودند درگذشت (567).

تکش
پسر ايل ارسلان که تکش نام داشت چندي بر سر سلطنت با برادر خود به زد و خورد پرداخت و عاقبت به شاهي نشست. تکش آخرين پادشاه سلجوقي را که طغرل سوم نام داشت نزديک شهر ري شکست داد و خاندان سلجوقي را برانداخت. سلجوقي را که طغرل سوم نام داشت نزديک شهر ري شکست داد و خاندان سلجوقي را برانداخت.

سپس تکش در همدان با سپاهيان خليفه عباسي به جنگ پرداخت و ايشان را مغلوب کرد و عراق عرب نيز زير فرمان او درآمد. دراين زمان اسماعيليان همچنان در گوشه و کنار کشور به آشوب و فتنه مي پرداختند. تکش فرزند خود سلطان محمد را به محاصره قلعه ترشيز که در دست ايشان بود فرستاد اما در همين حال درگذشت و پسرش سلطان محمد خوارزمشاه در سال 596 برتخت سلطنت نشست.

سلطان محمد
در اين زمان دو دولت نيرومند از شمال و مشرق با کشور خوارزمشاهيان همسايه بودند: يکي خاندان غوريان که در افغانسات سلطنت مي کردند و ديگر سلسله خانيان يا فراختائيان که بخارا و سمرقند را در دست داشتند.

سلطان محمد پس از مدتي زد و خورد غوريان را از خراسان بيرون راند و چون شهاب الدين غوري کشته شد هرات و همه حدود آن به کشور خوارزمشاهي پيوست.

سپس خوارزمشاه عازم جنگ با گورخان پادشاه فراختائيان شد و او را شکست داد و بخارا و سمرقند و اترار را گرفت و آن دولت را برانداخت.

پس از تصرف غزنين چون بر سلطان محمد معلوم شد که خليفه عباسي پنهاني پادشاهان غور را به جنگ با او وامي داشته است خوارزمشاه عازم آن شد که به بغداد برود و خليفه را از ميان بردارد و يکي از فرزندان امام حسين را به خلافت بنشاند. پس با لشکر فراوان به جانب بغداد تاخت اما در همدان بسياري از سپاهيانش از سرما تلف شدند و سلطان محمد به خوارزم برگشت. در اين ميان چون دولت فراختايي که فاصله کشور خوارزمشاه و سرزمين چنگيز خان مغول بود برافتاده بود و دو کشور خوارزمشاهي و مغول همسايه شده بودند ميان ایشان اختلافي روي داد. حاکم شهر اترار همه بازرگاناني را که از نزد چنگيز خان آمده بودند کُشت و مال ايشان را تاراج کرد و سلطان محمد که با همه دليري عقل و تدبيري نداشت و گرفتار غرض هاي درباريان خود بود خطر را در نيافت و در پي جلوگيري از آن برنيامد.

سپاه مغول به سرداري چنگيزخان به کشور خوارزمشاه تاختند و شهرهاي بزرگ و آباد را ويران کردند و مردمان را کشتند و سلطان محمد چنان خود را باخت که هيچ پايداري نتوانست و از پيش سپاه مغول به شتاب گريخت و سرانجام به جزيره آلسکون در درياي خزر پناه برد و آنجا درگذشت (617).

تاخت و تاز مغول

بزرگترين بلايي که در سراسر دوران تاريخ ايران بر سر اين کشور و مردم آن آمده هجوم قوم و حشي و خونخوار مغول است.مغول قبيله هايي از نژاد زرد بودند که در جنوب سيبري و شمال چين ميزيستند. تمدني نداشتند، و بيشتر به چادرنشيني و شباني روزگار مي گذرانيدند، و غالباً به شهرهاي آباد چين شمالي مي تاختند و کشتار و غارت مي کردند.

چنگيز خان

رئيس يکي از طايفه هاي کوچک اين قوم پسري داشت که او را "تموچين" نام گذاشته بود. اين پسر دوازده ساله بود که پدرش درگذشت. اما تموچين دلير و لايق بود. به زودي دسته اي را گرد خود جمع کرد و به راهزني پرداخت و کم کم بر طايفه خود رئيس شد و قبيله هاي ديگر را که با او هم نژاد بودند نيز زير فرمان درآورد و کشور نيرومندي در جنوب سيبري برپا کرد.

طايفه تموچين و بيشتر قبيله هاي مغول آئين بت پرستي داشتند. تموچين همين که فرمانرواي مغولان شد به رسم نژاد خود انجمني از سران قوم و پيشوايان مذهبي فراهم کرد و لقب "چنگيزخان" که معني آن "خان فاتح" است بر خود نهاد و در اين انجمن درفشي که نه دم اسب سفيد از آن آويخته و نزد مغول نشانه شاهي بود به او داده شد.

از اين زمان چنگيز خان به راهنمائي دو بازرگان ايراني که براي تجارت به آن ديار رفته بودند سازماني براي سپاه و اداره کشور خود قرار داد و خط ايغوري را براي نوشته ها و کارهاي کشوري خود پذيرفت.

پس از آن چنگيزخان به کشور چين حمله برد و شهر پکن پايتخت آنجا را گرفت و سپس يکي از پسران خود را که جوجي نام داشت به مغرب فرستاد و شهرستان هاي جنوب غربي سيبري را فتح کرد و چون در اين هنگام دولت فراختايي از ميان رفته بود مغولان با کشور خوارزمشاهيان همسايه شدند.

چنگيز خان مي خواست با کشور همسايه خود رابطه بازرگاني داشته باشد و براي اين کار جمعي از بازرگانان را به ماوراء النهر فرستاد. اما در يکي از شهرهاي مرزي، حاکم شهر که خويش سلطان محمد خوارزمشاه بود همه را کُشت و مال و کالاي ايشان را غارت کرد. چنگيز خان که از اين رفتار ناروا خشمگين شده بود سفيراني پيش خوارزمشاه فرستاد تا سبب اين بدرفتاري را بپرسد. اما سلطان محمد از ناداني و خودخواهي آن سفيران را هم کُشت. چنگيزخان به خشم آمد و با سپاه بيشمار مغول، به سرداري چهار پسرش، براي خونخواهي رو به ماوراءالنهر گذاشت.

فتح ايران

سلطان محمد خوارزمشاه به جلوگيري از سپاه مغول شتافت، اما در همان برخورد اول چنان ترس بر او راه يافت و خود را باخت که رو به گريز نهاد، و خانواده خود را از خوارزم به مازندران فرستاد، و خود به نيشابور رفت و به جاي آنکه سپاه خود را فراهم بياورد و جلوي لشکر خونخوار مغول را بگيرد به خوشگذراني پرداخت.

سپاه چنگيز شهرهاي شمال شرقي ايران آن زمان را يک يک گرفتند و هرچند مردم شهرها دليرانه پايداري کردند نتوانستند از عهده مغول برآيند. شهرهاي آباد و پُرجمعيت بخارا و خجند و سمرقند در سال 627 به دست سپاه مغول افتاد و يکسره ويران شد و نزديک به تمام مردمان آن کُشته شدند.

سپس چنگيز در پي خوارزمشاه به خراسان و شهرهاي ديگر مرکز و مغرب ايران تاختند و هرجا که مي رسيدند شهر را خراب مي کردند و آتش مي زدند و همه مردم را مي کُشتند و گاهي جانوران را هم زنده نمي گذاشتند.

سلطان محمد خوارزمشاه از بيم جان با نزديکان خود پياپي از پيش لشکريان مغول مي گريخت تا آنکه از نيشابور به ري و از آنجا به قزوين رفت و چون دشمن نزديک مي شد به گيلان شتافت و از آنجا به استرآباد رفت و آخر به جزيره کوچک آلسکون در درياي خزر پناه برد آنجا چون شنيد که زنان و فرزندانش به دست مغول افتاده و کُشته شده اند از ترس و اندوه جان سپرد.

سپاه مغول در سراسر کشور ايران خراسان فارس پراکنده شدند و همه جا ويراني و کُشتار کردند. چنگيز خان پس از آنکه ايران را با خاک يکسان کرد و سپاهيانش سراسر روسيه جنوبي را نيز فتح و غارت کردند، چندي در دشت هاي جنوب روسيه ماند و سپس به سرزمين خود بازگشت و در سال 624 جان سپرد. اين کشور گشاي خونريز به آيين قبيله خود پيش از مرگ سرزمين پهناوري را که فتح کرده بود ميان چهار پسرش قسمت کرد و يکي از ايشان را که «اگتاي قا آن» نام داشت به مقام خاني نشانيد.

سلطان جلال الدين
يکي از پسران سلطان محمد خوارزمشاه که جلال‌الدين نام داشت و از دلاوران بزرگ تاريخ شمرده مي شود چندين بار با لشکريان مغول زدو خورد کرد و کوشيد آن خونخواران را از ايران بيرون کند. اما کاري از پيش نبرد و مغول او را دنبال کردند تا به کناره رود سند رسيد. آنجا، چون ديد که نمي تواند پايداري کند، با شجاعت عجيبي اسب خود را به رود پهناور و خروشان سند راند. اسب شنا کنان به ساحل ديگر رسيد و چون سپاه مغول نتوانستند از رود بگذرند سلطان جلال الدين چندي در سرزمين هند ماند و سپاهي گرد آورد و چند ولايت را در آنجا فتح کرد. اما پس از مدتي باز به ايران برگشت تا با مغول در آويزد، در اين موقع تنگ، اميران و سرداران محلي به جاي آنکه با او همدست شوند از خودخواهي به زدو خورد با اين شاهزاده دلير پرداختند و ناصر، خليفه بغداد هم، نه تنها با او ياري نکرد بلکه سپاهي براي سرکوبيش فرستاد.

جلال الدين با همه شجاعت از تدبير و سياست بهره نداشت. چندي در شهرهاي ايران، از کرمان و اصفهان و ري تا تبريز و گرجستان، به جنگ با اميران و فرمانفرمايان آن حدود پرداخت، و کم‌کم آوازه مردي ودلاوري او هم جا پيچيد.

آخر «اگتاي قا آن» که جانشين چنگيز شده بود سپاهي براي جنگ با او فرستاد. جلال الدين که هميشه به مي خواري مي پرداخت، شبي مست خفته بود که سپاهيان مغول بر او شبيخون زدند. شاهزاده بدبخت سراسيمه برخاست و از چنگ مغولان گريخت. اما در کوههاي کردستان ناشناسي در اسب و لباس گرانبهاي او طمع کرد و در خواب او را کُشت. کُشته شدن جلال الدين در سال 628 هجري بود.

داستان شجاعت هاي سلطان جلال الدين تا چندين سال بر زبان ها بود و مردم مرگ او را باور نمي کردند و هنوز اميد داشتند که آن پهلوان بيايد و سپاه مغول را از پا درآورد و ايشان را از ستمکاري هاي آن قوم بي رحم رهايي بدهد.