گرچه استفاده از کودهای بیولوژیک در کشاورزی از قدمت بسیار زیادی برخوردار است و در گذشته نه چندان دور تمام مواد غذایی مورد استفاده انسان با استفاده از چنین منابع ارزشمندی تولید می شده است ولی بهره برداری علمی از اینگونه منابع سابقه چندانی ندارد. اگرچه کاربرد کودهای بیولوژیک به علل مختلف در طی چند دهه گذشته کاهش یافته است ولی امروزه با توجه به مشکلاتی که مصرف بی رویه کودهای شیمیایی بوجود آورده است، استفاده از آنها در کشاورزی دوباره مجددا مطرح شده است. بدون تردید کاربرد کودهای بیولوژیک علاوه بر اثرات مثبتی که بر کلیه خصوصیات خاک دارد، از جنبه های اقتصادی، زیست محیطی و اجتماعی نیز مثمر ثمر واقع شده و می تواند به عنوان جایگزینی مناسب و مطلوب برای کودهای شیمیایی باشد. در حال حاضر نگرش های جدیدی که در ارتباط با کشاورزی تحت عنوان کشاورزی پایدار، ارگانیک و بیولوژیک مطرح می باشد به بهره برداری از چنین منابعی استوار است.
 کودهای بیولوژیک منحصرا به مواد آلی حاصل از کودهای دامی، اضافات گیاهی و غیره اطلاق نمی شود بلکه تولیدات حاصل از فعالیت میکروارگانیزم هایی که در ارتباط با تثبیت ازت و یا فراهمی فسفر و سایر عناصر غذایی در خاک فعالیت می کنند را نیز شامل می شود.
 بشر امروزه با استفاده از ماشین آلات سنگین سعی در بهره برداری بی رویه از خاک کرده است. سیستم های جدید خاک ورزی مثل سیستم های بدون شخم و شخم حداقل برای جلوگیری از فرسایش خاک پیشنهاد شده است. موفقیت این سیستم ها بدون فعال نگه داشتن جامعه میکروبی (میکروارکانیزم ها) خاک یک تلاش بیهوده است.به همین دلیل به دنبال نابودی خاک و راه حل ها، یک رشته بنام بیوتکنولوژی خاک در کشاورزی ایجاد شده استکه هدفش استفاده از ارگانیزم های مفید خاکزی برای تولید حداکثر است. موجودات خاک محرکه تمام فعل و انفعالات خاک می باشند. اکنون تلاش های زیادی صورت گرفته که بتوان با تقوبت میکروارگانیزم های خاک و تلقیح خاک با آنها حاصلخیزی خاک را حفظ کرد. به مجموعه بحث هایی که در این زمینه مطرح است، تهیه کودهای بیولوژیک گفته می شود.
 نخستین کود میکروبی که به بازار عرضه شد نیتراژین می باشد که بیشتر دررابطه با عنصر نیتروژن بوده لذا باکتری استفاده شده در آن ریزوبیوم است. این کود بیولوژک حدو یک قرن پیش تولید شده و به فروش هم رسیده است(1895). بدنبال تهیه آن انواع و اقسامریزوبیوم ها را معرفی کردند. علاوه بر باکتری ریزوبیوم باکتری های دیگر هم مثل ازتوباکتر استفاده شد. اما این فعالیت های مرتبط با تولید کودهای زیستی خیلی دوام نیاورد، که به دلیل مقارن شدن این فعالیت ها با تولید کودهای شیمیایی و صنعتی بود. زیرا کودهای شیمیایی رقیب بسیار قدرتمندی برای کودهای بیولوژیک بودند و تمام سرمایه ها صرف قسمت شیمیایی می شد. گذشته از آن کودهای شیمیایی جاذبه های گمراه کننده ای از قبیل: ارزان بودن، حمل آسان کاربرد سهل وآسان، درآمد سریع و کوتاه مدت و... که در اینجا مستهلک شدن زمین و از بین رفتن موجودات زنده میکروبی خاک در نظر گرفته نمی شد. این مسائل باعث شد چند دهه تولید کودهای بیولوژیک در یک وقفه ای قرار بگیرد.این قضیه تا سال 1970 ادامه داشت که بهای نفت افزایش یافت. با اوج گیری بهای نفت، بهای کودهای شیمیایی افزایش یافت و قدری از رقابت با کودهای بیولوژیکی کاسته شد.سال های بین 1973 تا 1975 دوره حیات مجدد کودهای بیولوژیک بود.
 کودهای بیولوژیک انواع مختلفی دارند، که بترتیب اهمیت انها ذکر می شوند.
 1- باکتری های تثبیت کننده نیتروژن مولکولی هوا (دیازوتروف ها یا خورنده های نیتروژن)
 2- قارچ های میکوریزایی
 3- میکروارگانیزم های حل کننده فسفات نا محلول
 4- باکتری های رایزوسفری محرک رشد گیاه (pgpr)
 5- میکروارگانیزم های تبدیل کننده مواد آلی به کمپوست
 6- کرم های خاکی
 عواملی که باعث می شود جمعیت و کیفیت میکروارگانیزم ها کم شود: تنش های طولانی مدت محیطی مثل یخنبدان، شوری، گرما و ....، استفاده مکرر از کود های شیمیایی، عدم حضور میزبان مناسب در خاک منطقه، استفاده از سموم دفع آفات و علف هرز ودیگر موارد.