مرگ کورش نیز چون تولدش به تاریخ تعلق ندارد. هیچ روایت قابل اعتمادی که از چگونگی مرگ کورش سخن گفته باشد در دست نداریم و لیکن از شواهد چنین پیداست که کورش در اواخر عمر برای آرام کردن نواحی شرقی کشور که در جریان فتوحاتی که او در مغرب زمین داشت ناآرام شده بودند و هدف تهاجم همسایگان شرقی قرار گرفته بودند به آن مناطق رفته است و شش سال در شرق جنگیده است. بسیاری از مورخین ، علت مرگ کورش را کشته شدنش در جنگی که با قبیله ی ماساژتها ( یا به قولی سکاها ) کرده است دانسته اند. ابراهیم باستانی پاریزی در مقدمه ای که بر ترجمه ی کتاب « ذوالقرنین یا کورش کبیر » نوشته است ، آنچه بر پیکر کورش پس از مرگ می گذرد را اینچنین شرح می دهد :

سرنوشت جسد کورش در سرزمین سکاها خود بحثی دیگر دارد. بر اثر حمله ی کمبوجیه به مصر و قتل او در راه مصر ، اوضاع پایتخت پریشان شد تا داریوش روی کار آمد و با شورش های داخلی جنگید و همه ی شهرهای مهم یعنی بابل و همدان و پارس و ولایات شمالی و غربی و مصر را آرام کرد. روایتی بس موثر هست که پس از بیست سال که از مرگ کورش می گذشت به فرمان داریوش ، جنازه ی کورش را بدینگونه به پارس نقل کردند.

شش ساعت قبل از ورود جنازه به شهر پرسپولیس ( تخت جمشید ) ، داریوش با درباریان تا بیرون شهر به استقبال جنازه رفتند و جنازه را آوردند. نوزاندگان در پیشاپیش مشایعین جنازه ، آهنگهای غم انگیزی می نواختند، پشت سر آنان پیلان و شتران سپاه و سپس سه هزارتن از سربازان بدون سلاح راه می پیمودند، در این جمع سرداران پیری که در جنگهای کورش شرکت داشته بودند نیز حرکت می کردند. پشت سر آنان گردونه ی باشکوه سلطنتی کورش که دارای چهار مال بند بود و هشت اسب سپید با دهانه یراق طلا بدان بسته بودند پیش می آمدند.

جسد بر روی این ردونه قرار داشت. محافظان جسد و قراولان خاصه بر گرد جنازه حرکت می کردند. سرودهای خاص خورشید و بهرام می خواندند و هر چند قدم یک بار می ایستادند و بخور می سوزاندند. تابوت طلائی در وسط گردونه قرار داشت. تاج شاهنشاهی بر روی تابوت می درخشید ، خروسی بر بالای گردونه پر و بال زنان قرار داده شده بود – این علامت مخصوص و شعار نیروهای جنگی کورش بوده است. پس از آن سپهسالار بر گردونه جنگی ( رتهه ) سوار بود و درفش خاص کورش را در دست داشت. بعد از آن اشیا و اثاثیه ی زرین و نفایس و ذخایری که مخصوص کورش بود – یک تاک از زر و مقداری ظروف و جامه های زرین – حرکت می دادند.

همین که نزدیک شهر رسیدند داریوش ایستاد و مشایعین را امر به توقف داد و خود با چهره ای اندوهناک ،‌ آرام بر فراز گردونه رفت و بر تابوت بوسه زد ؛ همه ی حاضران خاموش بودند و نفس ها حبس گردیده بود. به فرمان داریوش دروازه های قصر شاهی ( تخت جمشید ) را گشودند و جنازه را به قصر خاص بردند. تا سه شبانه روز مردم با احترام از برابر پیکر کورش می گذشتند و تاجهای گل نثار می کردند و موبدان سرودهای مذهبی می خواندند.

روز سوم که اشعه ی زرین آفتاب بر برج و باروهای کاخ باعظمت هخامنشی تابید ، با همان تشریفات جنازه را به طرف پاسارگاد – شهری که مورد علاقه ی خاص کورش بود - حرکت دادند. بسیاری از مردم دهات و قبایل پارسی برای شرکت در این مراسم سوگواری بر سر راهها آمده بودند و گل و عود نثار می کردند.

در کنار رودخانه ی کورش ( کر) مرغزاری مصفا و خرم بود. در میان شاخه های درختان سبز و خرم آن بنای چهار گوشی ساخته بودند که دیوارهای آن از سنگ بود.
هنگامی که پیکر کورش به خاک می سپردند ، پیران سالخورده و جوانان دلیر ، یکصدا به عزای سردار خود پرداختند. در دخمه مسدود شد ، ولی هنوز چشمها بدان دوخته بود و کسی از فرط اندوه به خود نمی آمد که از آن جا دیده بردوزد. به اصرار داریوش ، مشایعین پس از اجرای مراسم مذهبی همگی بازگشتند و تنها چند موبد برای اجرای مراسم مذهبی باقی ماندند.