آگاهان معتقدند که اختلاف آیتالله میلانی با محمدتقی شریعتی نیز در بدبینی شریعتی نسبت به روحانیت بیتأثیر نبوده است. محمدتقی شریعتی در بدو ورود آیتالله میلانی به مشهد، یکی از حواریون آیتالله شد؛ تا جایی که محمدتقی شریعتی در منزل آیتالله میلانی برای طلاب تفسیر درس میداد و خود آیتالله نیز به احترام استاد که گاهی در درس شرکت میکرد؛ اما دیری نپایید که این اتحاد به اختلاف کشیده شد و استاد مطرود گشت. شاید نامهی دکتر علی شریعتی به آیتالله میلانی اشارهای به همین ماجرا باشد.
وی در نامهای خطاب به آیتالله مینویسد:
”گمان نمیکنم ارادت من، پدرم و همهی کسانی که چون ما میاندیشند، نیاز به یادآوری باشد؛ زیرا از آن چند صباحی نگذشته است. ما. . . و جوانان سخت باور و دیر اعتقاد نیز تا چه اندازه مقدم شما را گرامی داشتیم و مقام شما را ارجمند. . . شک نیست که شما از این که گروهی چون ماـ که فقط ایمان و اخلاص داشتیم تا نثار حضرتتان کنیم ـ از دست رفته باشند، تأسفی ندارید. . . شاید شما شاد هم باشید که مرا که قریب بیست سال با ارادت و اخلاص نسبت به شما بزرگ شدهام و در اروپا و ایران، در دانشگاه و بازار با شور و اخلاص و افتخار مبلغ شخصیت علمی و اجتماعی شما بودم، در سلک ارادتمند نمیبینید.“(72)
این نامه نشانگر این است که شریعتی در ابتدا رابطهای صمیمانه با آیتالله میلانی داشته؛ اما به هر دلیل این رابطه قطع و صمیمیت به اختلاف تبدیل شده است.
شریعتی در بازجوییهای خود بر این نکته تأکید میکند که با ورود آیتالله میلانی به مشهد” امید بسیار یافته“ که” بتواند منشأ تحول عمیقی در حوزهی علمیهی قدیم و همچنین روشنی روحی و بینش مذهبی در میان تودهی عوام مذهبی قرار گیرد. “(73) ولی علت یأس و سرخوردگی خود را تشریح نمیکند. به هر حال آگاهان معتقدند که اختلاف بین آیتالله میلانی با محمدتقی شریعتی نقش فراوانی در بدبینی شریعتی به روحانیت داشته است.
مطالعات شریعتی در غرب نیز بر این بدبینی افزود. دوران رنسانس و دوران انقلابهای اروپایی نتیجهی مبارزهی روشنفکران با روحانیت کلیسا و ایجاد اصلاحات دینی بود. شریعتی نیز به این نتیجه رسید که برای اصلاح دینی با روحانیون نیز باید مبارزه کرد. به گفتهی شریعتی” ملایان“، ”نگهبان“ خرافات مذهبی بودند و وظیفهی یک روشنفکر و ”مذهبی متجدد“ ”پاک کردن افکار مذهبی از خرافات و انحرافات است. “(74)
شریعتی یکی از وظایف خود را به عنوان یک روشنفکر دینی” مبارزه با آخوند زدگی“ میدانست. (75) شریعتی معتقد بود برای ایجاد” یک جریان فکری سالم و مترقی متناسب با نیاز ایران“ باید” با آخوندیسم که اسلام مرتجعانهی عصر فئودالی را نگهداشته و هم نسل جوان را که در فرار از این مذهب ارتجاعی به این افکار تخریبی میافتد، مبارزهی فکری“ کرد. (76)
شریعتی روحانیت شیعه را بعد از عصر صفوی یکی از اضلاع مثلث زر و زور و تزویر میدانست. شریعتی حتی چنین رابطهای را تا زمان خودش و حتی به مرجعیت شیعه سرایت میداد. او چنین مینویسد:
” روستا مثل همهی جامعههای بزرگ بشری یک بافت سهگانه ژاندارم ـ آخوند ـ خان، داشت که این سه نفر حکومت میکردند. . . آن وقت پسر همین آدم(آخوند) میآمد و با همین روحیه و با همین رابطه درس میخواند، بعد میشد ثقةالاسلام، حجتالاسلام، آیتالله و بعد میشد آیتاللهالعظمی؛ شخصیتش بالا میرفت اما همان رابطهای را که بابایش به عنوان ملای ده با خان داشت، همان رابطه را با مملکت و با خان مملکت دارد. “(77)
شریعتی دامنه اعتراضاتش به روحانیت را چنان گسترش داد که گرایش جهانی به اسلام را نشانهی بی نیازی به روحانیت دانست. او میگفت:” من از وقتی امیدوار شدم که اسلام به جایی رسیده که از انحصار روحانیت خارج شده است. ببینید الآن درست است که هنوز قدرت اساسی و زیاد باز دست روحانیت رسمی است، دست همین مراجع است، ولی اسلام از درون نسلهای غیررسمی و فداکار و فداییان، واقعاَ عاشقانی پیدا کرده که. . . الان میبینیم که چهرهی اسلام را در سطح جهانی عوض کردهاند و با مرگ روحانیت رسمی ما، اسلام خوشبختانه نخواهد مرد. “(78)