پس از مرگ شاپور ساسانى در سال 272 ميلادى مانى به ايران بازگشت. هرمزد اول مانى را به چشم احترام مينگريست، اما وهرام (بهرام) اول برادر هرمز اول که پادشاهى عشرت طلب و سست عنصر بود؛ مانى را بدست روحانيون زرتشتى سپرد و آنان وى را چندان عذاب دادند تا زندگى را بدورد گفت. بنابر يک روايت مانى، مصلوب شد و برخى گويند زنده زنده پوست او را کندند. بعدسرش را بريدند و پوست او را پر از کاه کرده به يکى از دروازه هاى شهر گنديشاپور خوزستان بياويختند (275 يا 276 ميلادى) و از آن پس آن دروازه به باب مانى موسوم گشت. مانى مخترع خط جديد هم بوده داراى حروف مصوته، که کتابهاى مانويان پارتى زبان و پارسيک زبان و سغدى زبان و غيره به آن خط که مشتق از سريانى و ساده تر از آن است، نوشته شده. مانى 6 کتاب نوشته و منشورهاى بسيار به اصحاب و پيروان خود و شايد ديگران هم فرستاده که اسامى عده اى از آنها در ضمن فهرست 76 رساله مانى و اصحاب او در کتاب الفهرست ابن نديم به ما رسيده است. پنج کتاب را به زبان آرامى شرقى (که مانى در سرزمين آنان بزرگ شده بود) نوشته و يک کتاب هم به نام "شاهپورگان" به پارسيک يعنى زبان جنوب غربى ايران نگاشته که بيشتر مندرجات آن راجع به معاد بوده است. يکى از کتابهاى مانى معروف به "سفر الجبابره" است که قطعاتى از آن به زبانهاى ايرانى بدست آمده و در زبان ايرانى به نام کتاب "کوان" [ ک ] خوانده مى شد که جمع "کو" و مشتق از لغت اوستائى "کوى" [ ک ] است که در زمان ساسانيان به معنى "جبار" استعمال مى شده است. ديگر "کنزالاحياء"، "سفرالاسرار"، "فرقماطيا" که در مآخذ ايرانى ظاهراً "بنگاهيک" و در لاتينى شايد همان "اپيستو لاخوندار منتاء" معروف است. ديگر انجيل زنده يا انجيل مانى را بايد نام برد. اين کتاب که قطعاتى از آن در آثار تورفان بدست آمده بر 22 قسمت مطابق 22 حرف تهجى آرامى بنا شده بوده است، و ظاهراً يک جلد آلبوم تصاوير که مبين و نشان دهنده مطالب کتاب بوده و در يونانى "ايقون" و در زبان پارتى "اردهنگ" و در پارسيک "ارتنگ" و در قبطى "ايفونس" و در کتابهاى مانوى چينى "تصوير دو اصل بزرگ
ناميده مى شد.