محمد شير خدايي به سال 1305 در محله بازارچه سعادت تهران در يك خانواده متدين چشم به جهان گشود ، پدرش حاج مير جواد كاشاني كه مردي مذهبي بود هميشه مدت 6 ماه از سال را در كربلا بود و 6 ماه ديگر را در تهران به سر مي برد . يك روز محمد كه طفلي بيش نبود در محله شان با بچه هاي هم سن و سال خود مشغول بازي كردن بود كه شخص دوره گرد ژوليده مو و سيه چرده و قوزي با (( ني لبك )) خود ، آهنگي محزون مي زد و مي رفت ، او بازي را رها كرده و دنبال او مي رود و گم مي شود و همين امر سبب مي شود تا شب كتك مفصلي از پدرش بخورد . ازاين قضيه چندي مي گذرد تا پدرش مجددا عازم كربلا مي شود و او كه عشق نواختن (( ني لبك )) در وجودش خانه كرده بود ، در غياب پدر موقع رامغتنم شمرده و از مادرش مبلغ سي شاهي مي گيرد و يك (( ني لبك )) مي خرد و مدت دو ماه پيش خود مي زند تا اين كه پدرش از سفر مي آيد و وقتي مي فهمد كه محمد (( ني لبك )) مي نوازد ، (( ني ))او را شكسته و سيلي محكمي به گوش او مي زند و مي گويد : (( مي خواهي مطرب شوي ؟ )) ولي محمد جوابي نداشت كه به او بدهد و صبر مي كند تا او دوباره به سفربرود و همين كه پدر به كربلا مي رود ، او از عمه اش كه وي را بسيار دوست مي داشته ، پول گرفته و يك (( ني لبك )) ديگر مي خرد و شروع به تمرين مي كند ،
محمد در اين هنگام در كلاس سوم دبستان ثريا واقع در محله سيد نصرالدين خيابان خيام درس مي خواند كه وارد پيش آهنگي شد و در آنجا بود كه به او فلوت ياد دادند و اولياء آنجا متوجه هوش و ذوق او در نواختن اين ساز شدند و چون زود به اين ساز آشنايي پيدا كرد ، خودش معلم شاگردان شد و يك دست لباس پيش آهنگي به عنوان كادو به او دادند.



در كلاس پنجم ابتدايي بود كه مدرسه موزيك اعلام كرد پنجاه نفر شاگرد جهت يك دسته اختصاصي مي خواهد او با برادر بزرگش اين مطلب را در ميان گذاشت و او محمد را تشويق مي كند تا در اين مدرسه نام نويسي كند ولي شهريور 1320 و وقايع مربوط به آن پيش مي آيد و مدرسه بهم مي خورد تا اين كه در هنرستان عالي موسيقي ثبت نام مي كند و در سلك شاگردان آن هنرستان در مي آيد ولي يك روز آقاي كلنل وزيري سرپرست و روح اله خالقي معاون هنرستان ، اعلام مي كنند كه هر كس ساز بادي مي زند بايد تار هم بنوازد و در نتيجه او با اين ساز هم آشنايي پيدا كرد .


شير خدايي در سال 1324 سوليست راديو شد و صداي سازش از راه راديو پس از اعلام نام او توسط گوينده به گوش پدرش كه در عراق بود مي رسد و او پس از مراجعت به تهران به مادر او مي گويد : (( آخرش اين پسر مطرب شد ! )) و مدت يك سال با او حرف نمي زد ، تا اين كه عاقبت او را مي بخشد .

شير خدايي با اركسترهاي انجمن موسيقي ملي ، به رهبري روح اله خالقي ، اركستر بزرگ راديو ، به رهبري ابراهيم خان منصوري ، استاد مهدي خالدي ، مجيد وفادار و ... همكاري داشته و درباره به وجود آمدن آرم (( گلهاي جاويدان )) روزي مرحوم داود پيرنيا به او مي گويد براي ضبط چند گوشه از دستگاههاي موسيقي ايراني با (( قره ني )) به اداره هنرهاي زيبا بيايد و او به آن اداره مي رود ، استوديوي ضبط آنجا كه يك اتاق كوچك بود و هنوز (( اكو )) به ايران نيامده بود درهاي (( كاريدور )) ها را بستند و او دربيرون استوديو به اتاق فرمان مي رود و ضبط مي شود . يك ماه بعد داود پيرنيا آن را آرم برنامه هميشه جاويد (( گلهاي جاويدان )) قرار مي دهد .
او اولين برنامه (( گلهاي جاويدان )) را باذ همكاري : غلامحسين بنان ، حسين ياحقي ، علي تجويدي ، لطف اله مجد ، حسين تهراني اجرا كرد و بعدا با آقايان : استاد صبا ، محجوبي ، خالدي ، ورزنده همكاري داشته . او مدتها سمت كارشناس هنرهاي شبانه روزي استانهاي : كرمان ،سيستان و بلوچستان و مازندران را به عهده داشت و همين امر موجب گرديده بود كه در فعاليت هاي او در راديو وقفه ايجاد شود . محمد شير خدايي ، آهنگهاي بسياري ساخت كه از ميان آنها بيشتر به : (( مادر )) ، (( صداي عشق )) و (( چرا نگفتي )) علاقمند است .