فعاليت آکادمي باشگاه استقلال در چند سال اخير به دليل تغييرات مديريتي در هر دوره با شکل هاي مختلفي همراه بوده و به همين دليل حرف و حديث ها در مورد چگونگي فعاليت تيم هاي پايه اين باشگاه هميشه مطرح بوده است.
با انتخاب حسن روشن به عنوان رئيس کميته فني باشگاه استقلال قرار شده تا وي براي شکل‌دهي مناسب فعاليت هاي آکادمي استقلال، کميته فني براي اين آکادمي با حضور پيشکسوتان ديگري از استقلال مشخص کند و سپس رئيس آکادمي را بر اساس نظرات اين کميته انتخاب مي شود.
در حال حاضر رئيس آکادمي فوتبال باشگاه استقلال رضا رجبي است