چندین سال پس از نخستین جنگ T.O.O.L ، ستمگران مستبد بازگشته اند تا کار خویش را به اتمام برسانند . آنها این بار نه با سلاح های عادی معمول بلکه با بهره گیری از سلاحی که می تواند با ایجاد یک جهش ژنتیکی پیشرفته کل کهکشان را نابود سازد قصد نبرد دارند .خوشبخاته این بار نیز Gun Bros برای محافظت آماده است . اکنون وقت نبرد و درگیری است . پرسی و فرانسیس خود را در برابر کهکشان مسئول دانسته و نمی خواهند که آسیبی بدان برسد پس بدان ها در رسیدن به هدف شان کمک کنید .